HDClone oferuje kilka trybów kopiowania w celu bezpośredniego przeniesienia danych z jednego dysku na inny.
FullCopy (kopia fizyczna) jest uniwersalnym trybem kopiowania. Tworzy on dokładny klon wszystkich partycji danego dysku oraz opcjonalnie sektory pomiędzy. Partycje klonowane są w całości, niezależnie od poziomu wykorzystania ich sektorów. Pozwala to na klonowanie dowolnych systemów plików.
Używając SmartCopy (kopia logiczna), HDClone korzysta wyłącznie z obszarów nośnika danych zajętych przez system operacyjny oraz inne pliki. Jakiekolwiek niewykorzystane obszary nie zostaną skopiowane. Jako, że w większości przypadków jedynie część pojemności nośnika danych jest zajęta, w zależności od ilości zapisanych danych, SmartCopy oszczędza czas w porównaniu do FullCopy. Tryb SmartCopy jest więc wielokrotnie szybszy niż tryb FullCopy.
Tryb SmartCopy może zostać zastosowany dla całych dysków lub innych nośników, jak również dla pojedynczych partycji. SmartCopy wspiera obecnie systemy plików NTFS, FAT, HFS+, ext2/ext3, Btrfs oraz APFS. Partycje zawierające inne systemy plików zostaną skopiowane w trybie FullCopy, nawet jeśli opcja SmartCopy została aktywowana.
SmartCopy tworzy również dokładny klon, ale w odróżnieniu od FullCopy, kopiuje on jedynie używane obszary nośnika. Dla wielu zastosowań jest to preferowany tryb, ponieważ wytwarza on ten sam rezultat w krótszym czasie.
BitCopy (dokładna fizyczna kopia bitowa) tworzy kompletny lub częściowy klon nośnika danych. Ten klon jest 'bit-po-bicie' identyczny ze źródłem, jako iż każdy sektor źródła jest kopiowany do dokładnie tego samego sektora na celu. Jest to główna różnica między BitCopy a FullCopy.