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HDShredder versucht auftretende Sektorfehler bestmöglich zu beheben. Ist dies nicht möglich, werden diese in einer entsprechenden Fehlerstatistik vermerkt.
Im Fall von Lese- oder Schreibfehlern setzt HDShredder verschiedene Strategien ein, um auch diese Daten nach Möglichkeit noch lesen oder schreiben zu können. Die hierauf verwendete Zeit hängt vom jeweiligen Medium und dessen Zustand ab. Es können hier pro Sektor mehrere Sekunden bis zu Minuten für wiederholte Versuche aufgewendet werden. Deshalb ist es empfehlenswert, die Option SmartDefectSkip immer zu aktivieren, da dann die intensive Behandlung von Fehlern nach dem Löschen der intakten Bereiche stattfindet. Der Vorgang kann dann bei zu langer Dauer abgebrochen werden, ohne die Daten in den intakten Bereichen preiszugeben.
Während des Löschvorgangs können Lesefehler nur beim Verifizieren auftreten. HDShredder versucht dann die fehlerhaften Bereiche sofort oder nach Abschluss des Durchlaufs in einem eigenen Fehlerbehebungslauf mit Hilfe spezieller Zugriffsstrategien trotzdem zu lesen. Während des Fehlerbehebungslaufs kann sich die angezeigte Anzahl der Lesefehler wieder reduzieren, entsprechend den Bereichen, die dabei doch noch gelesen werden konnten.
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Schreibfehler können nur während eines Löschdurchlaufs auftreten. HDShredder versucht dann, fehlerhafte Bereiche sofort oder nach Abschluss des Löschvorgangs in einem eigenen Fehlerbehebungslauf mit Hilfe spezieller Zugriffsstrategien trotzdem zu beschreiben. Während des Fehlerbehebungslaufs kann sich die angezeigte Anzahl der Schreibfehler wieder reduzieren, entsprechend den erfolgreich gelöschten Bereichen.
Wenn das gewählte Löschverfahren Verifikationsläufe enthält, führt HDShredder zusätzlich zu den Löschdurchläufen auch Verifikationsläufe durch. Verifikationsfehler werden gezählt, wenn die gelesenen Daten nicht mit dem zuvor geschriebenen Löschmuster übereinstimmen. Ferner werden Lesefehler, die im Verifikationslauf auftreten, ebenfalls als Verifikationsfehler gezählt. Die Anzahl der Verifikationsfehler gibt Auskunft darüber, bei wie vielen Sektoren die sichere Löschung nicht überprüft werden konnte.