HDClone obsługuje rozmaite formaty dysków.
HDClone obsługuje korzystanie z dysków fizycznych.
Wiele dysków podzielonych jest na partycje w celu zapewnienia, że dane na nich zawarte są odpowiednio zorganizowane. HDClone jest w stanie odróżnić poszczególne partycje na dyskach i umożliwia kopiowanie oraz zapisywanie pojedynczych partycji.
W odróżnieniu od dysków podstawowych, dyski dynamiczne umożliwiają montaż więcej niż 4 (podstawowych) partycji używając partycji logicznych. Dyski dynamiczne mogą być tworzone wykorzystując Zarządzanie Dyskami systemu Windows. Dyski te są również wspierane przez HDClone.
Woluminy RAID są również wspierane przez HDClone i mogą być przenoszone do innych dysków.