HDClone bietet verschiedene Kopiermodi zur direkten Übertragung von Daten von einem Datenträger auf einen anderen.
FullCopy (physische Kopie) ist ein universeller Kopiermodus. Er erzeugt eine exakte Kopie aller Partitionen eines Datenträgers sowie optional die Sektoren dazwischen. Partitionen werden als Ganzes kopiert, unabhängig davon, welche Sektoren tatsächlich belegt sind. Damit lassen sich beliebige Dateisysteme kopieren.
Bei SmartCopy (logische Kopie) berücksichtigt HDClone nur die von Betriebssystemen und Dateien belegten Bereiche eines Speichermediums. Alle freien Bereiche werden nicht kopiert. Da in der Praxis bei den meisten Speichermedien nur ein Teil des Speicherplatzes belegt ist, spart SmartCopy – abhängig von der Menge gespeicherter Daten – einen Teil des Aufwands einer FullCopy ein. Daher arbeitet SmartCopy meist um ein Vielfaches schneller als FullCopy.
Der SmartCopy-Modus kann sowohl auf ganze Datenträger als auch auf einzelne Partitionen angewendet werden. SmartCopy unterstützt derzeit die Dateisysteme NTFS, FAT, HFS+, ext2/ext3, Btrfs und APFS. Bei Partitionen mit anderen Dateisystemen wird auch bei aktivierter SmartCopy-Option eine FullCopy erzeugt.
Auch SmartCopy erstellt eine exakte Kopie, die aber im Gegensatz zur FullCopy nur von den belegten Bereichen der Dateisysteme. Für viele Anwendungsfälle ist dieser Modus besser, da er dasselbe Resultat in kürzerer Zeit liefert.
BitCopy (bitgenaue physische Kopie) kopiert ein komplettes Speichermedium oder einen Teil davon bitgenau, indem von jedem Sektor der Quelle eine exakte Kopie auf dem entsprechenden Sektor des Ziels erstellt wird. Dadurch unterscheidet sich eine BitCopy von einer FullCopy.